O enredo de O crime do padre Amaro gira em torno de Amaro Vieira, lisboeta, filho de um casal que trabalhara para o marquês de Alegros. Órfão aos 6 anos, é a marquesa quem toma conta dele e o prepara para seguir a carreira eclesiástica. Vivendo entre as criadas, cresce um menino mimado. Quando entra para o seminário, aos 15 anos, é um rapaz física e psicologicamente fraco. Aceita passivamente o sacerdócio, sem demonstrar nenhuma inclinação para esse tipo de vida. O cinismo e a imoralidade dos colegas (cônego Dias, padre Natário e padre Brito), que vivem a explorar a ingenuidade e a mente supersticiosa dos fiéis, amortecem a consciência de Amaro, que acaba como eles, não hesitando em satisfazer seus desejos pessoais à custa daqueles a quem deveria servir de guia espiritual e moral.
